Дакладная дата ўзнікнення Стоўбцаў не вызначана. Першае ўпамінанне ў пісьмовых крыніцах аб паселішчы адносіцца да 1582 г., аднак вядома, што населены пункт Менскага павета Вялікага Княства Літоўскага Стоўбцы (Стоўпцы, Стаўпцы, Столпце) існаваў ужо ў першай палове ХVІ ст.

Лічыцца, што назва горада пайшла ад слупкоў – «стаўбцоў» уздоўж берага Нёмана, да якіх плытагоны прывязвалі плыты. З першай трэці ХVІ ст. да пачатку ХVІІІ ст. Стоўбцы належалі Слушкам. Гэта быў маёнтак «Стаўпцы» з цэнтрам – сядзібай Кавалёўшчына. У 1582 г. Стоўбцы перайшлі да Мікалая Крыштофа Радзівіла Сіроткі і былі падпарадкаваны мястэчку Новы Свержань. У канцы ХVІ ст. Стоўбцы атрымаў у спадчыну мінскі ваявода Аляксандр Слушка, які ў 1623 г. заснаваў тут касцёл святога Казіміра, а ў 1639 г. – кляштар дамініканцаў (скасаваны пасля паўстання 1831 г.). Касцёл уяўляў сабой трохнефавы храм з дзвюхвежавым фасадам і дзвюма бакавымі капліцамі. Звонку будынак меў сціплы дэкор, аднак унутранае ўбранне адрознівалася багаццем ляпной аздобы, асабліва вызначаўся алтар з абразам святога Казіміра. У скляпеннях касцёла знаходзіліся пахаванні роду Слушкаў. Пад капліцай святога Дамініка знаходзілася труна дамініканскага манаха Фабіяна Малішэўскага (Малішоўскага), які быў прыёрам у Стоўбцах і кіраваў будаўніцтвам касцёла. Фабіян лічыўся мясцовым насельніцтвам святым: пры яго труне адбываліся незвычайныя падзеі – пазбаўленне ад хвароб ці наступстваў няшчасных выпадкаў. Цудадзейнасцю адзначаўся і абраз айца Фабіяна. У 1865 г. касцёл святога Казіміра быў перададзены праваслаўнай царкве. У 1950-я гг. помнік архітэктуры ХVІІ ст. зруйнавалі. У 1990–2000-я гг. у горадзе пабудаваны новы касцёл у гонар святога Казіміра.

Падчас войнаў Расіі з Рэччу Паспалітай (1654–1667), Паўночнай вайны (1700–1721) Стоўбцы моцна разбураліся, палова насельніцтва была знішчана. З пачатку ХVІІІ ст. мястэчка знаходзілася ва ўласнасці Станіслава Эрнеста Дэнгафа, з 1728 г. – цэнтр графства Чартарыйскіх. Тут налічвалася 144 двары, царква, касцёл, ратуша, школа і кляштар са шпіталем, карчма, буйная рачная прыстань. Жыхары займаліся сельскай гаспадаркай і рамёствамі. У 1729 г. мястэчка атрымала магдэбургскае права, якое было скасавана у 1793 г. пасля другога падзелу Рэчы Паспалітай і ўключэння у склад Расійскай Імперыі. З 1796 г. Стоўбцы – цэнтр воласці Мінскага павета.

Напрыканцы ХVІІІ ст. таварна-грашовыя адносіны ўсё глыбей пранікалі ва ўсе сферы эканомікі Расіі: будаваліся паштовыя дарогі, водныя шляхі зносін (Агінскі, Бярэзінскі каналы), працавалі мануфактуры, развіваўся гандаль. Перамены закранулі і Стоўбцы: у 1793 г. на Нёмане быў пабудаваны мост, які злучыў мястэчка з Новым Свержанем і дарогамі на Нясвіж і Мір. З першай паловы ХІХ ст. прыстань у Стоўбцах стала адной з буйнейшых. Адсюль за мяжу вывозілася збожжа, драўніна, смала, шкіпінар і іншыя тавары. З балтыйскіх партоў прывозілі соль, селядцы, напоі, цукар, алей, дарагую мэблю, вырабы з жалеза, бавоўну.

Вайна 1812 г. і французская акупацыя нанеслі гаспадарцы і насельніцтву Стоўбцаў вялікія матэрыяльныя і людскія страты, напалову скараціліся пасяўныя плошчы.

Польская шляхта не жадала мірыцца з падзеламі Рэчы Паспалітай і ў сярэдзіне ХІХ ст. пачала паўстанне, актыўны ўдзел у якім прыняў уладальнік мястэчка Адам Чартарыйскі. Пасля падаўлення паўстання ў 1831 г. маёнтак Стоўбцы быў канфіскаваны на карысць дзяржавы. З пабудовай чыгункі Масква – Брэст (1871) за 2 км ад Стоўбцаў былі створаны чыгуначная станцыя (да 1897 г. на ёй з'явілася восем двароў і 120 жыхароў) і дэпо. Водны гандлёвы шлях саступіў месца чыгуначнаму. Развіццё вытворчасці, рамяства, ажыўленне гандлю прывяло да прыкметнага павелічэння колькасці насельніцтва: у 1886 г. тут налічвалася 1070 жыхароў, 186 двароў, існавалі дзве царквы, сінагога, два яўрэйскія малітоўныя дамы, запалкавая фабрыка, мужчынскае (з 1869 г.) і жаночае (з 1875 г.) народныя вучылішчы, пошта, шэраг крам.

Пачатак ХХ ст. вызначаецца буйной забастоўкай лесарубаў, хваляваннямі моладзі, сялян-парабкаў, жалобнай дэманстрацыяй з нагоды Курлоўскага расстрэлу ў Мінску (1905). Падчас Першай сусветнай вайны Стоўбцы апынуліся ў прыфрантавой паласе, што выклікала недахоп рабочай сілы і заняпад гаспадаркі і прывяло да актывізацыі палітычнага жыцця. У лістападзе 1917 г. улада ў горадзе належала Савету рабочых і салдацкіх дэпутатаў, аднак ужо ў лютым 1918 г. Стоўбцы былі акупіраваны германскімі войскамі. З канца 1918 г. да кастрычніка 1920 г. улада належала то бальшавікам, то польскім войскам. У выніку падпісання Рыжскага мірнага дагавора Стоўбцы з 1921 г. адышлі да Польшчы, сталі цэнтрам гміны і павета ў Навагрудскім ваяводстве, прыгранічнай чыгуначнай станцыяй на лініі Варшава – Масква.

Польшча разглядала «усходнія крэсы» як сыравінны прыдатак, рынак збыту прадукцыі, крыніцу таннай рабочай сілы (сярэдняя заработная плата рабочага ў Стоўбцах складала 35% зарплаты рабочага Варшаўскага ваяводства, а працоўны дзень доўжыўся па 12–14 і болей гадзін). Памешчыкі адбіралі ў сялян 2/3 ураджаю. Сацыяльны прыгнёт цесна пераплятаўся з нацыянальным і рэлігійным. Улада імкнулася апалячыць, акаталічыць беларусаў. Такое становішча прыводзіла да хваляванняў сялян і забастоўкам рабочых. Развіццю нацыянальна-вызваленчага руху актыўна садзейнічалі павятовы камітэт БСРГ і гурток ТБШ. Улетку 1931 г. было створана Беларускае таварыства дабрачыннасці, пры якім дзейнічаў клуб з бібліятэкай-чытальняй і радыёкропкай. Клуб стаў сапраўдным асяродкам беларускай культуры.

17 верасня 1939 г. горад увайшоў у склад БССР і з 15 студзеня 1940 г. стаў цэнтрам Стаўбцоўскага раёна, аднак ужо 28 чэрвеня 1941 г. пасля ўпартага супраціўлення чырвонаармейцаў быў акупіраваны нямецка-фашысцкімі захопнікамі. З першых дзён акупацыі у горадзе ўсталяваўся «новы парадак»: ліквідаваліся органы мясцовай улады, уводзіліся непасільныя грашовыя і натуральныя падаткі, цяжкія прымусовыя работы. З асаблівай жорсткасцю фашысты знішчалі яўрэйскае насельніцтва: каля трох з паловай тысяч жыхароў Стоўбцаў пахаваны каля в. Заямнае. Адпор ворагам давалі падпольныя групы, партызанскія атрады і брыгады.

Стоўбцы былі вызвалены 2 ліпеня 1944 г. воінамі 1-га Беларускага фронту ў ходзе Мінскай аперацыі. Напамінам аб жахлівых ваенных часах у Стоўбцах служаць помнікі Вызваліцелям, Брацкая магіла савецкіх воінаў і партызан, магіла ахвяр фашызму.

З 1954 г. Стоўбцы ўваходзяць у склад Мінскай вобласці. Разбураны немцамі горад аднаўляецца, расце прамысловасць, развіваецца сельская гаспадарка. Толькі ў 1970 г. колькасць насельніцтва дасягнула 7,5 тыс. жыхароў, як і ў даваенны час. У 1977 г. у межы Стоўбцаў увайшла в. Акінчыцы з сядзібай, дзе нарадзіўся Якуб Колас.

Сёння Стоўбцы – раённы цэнтр Мінскай вобласці. Трапіць сюды можна, рухаючыся з Мінска на паўднёвы захад па шашы ці па чыгунцы ў накірунку Брэста. Горад развіваецца, будаўніцтва вядзецца у паўночна-заходняй частцы Стоўбцаў, паміж аўтамабільнай дарогай і чыгункай. Тут працуюць прадпрыемствы машынабудаўнічай, будаўнічай, паліграфічнай, харчовай галін вытворчасці. Створаны ўсе ўмовы для атрымання агульнай сярэдняй адукацыі, працуюць установы пазашкольнага і дашкольнага выхавання, шэраг устаноў культуры (у т. л. Мемарыяльная сядзіба Акінчыцы, філіял Літаратурна-мемарыяльнага музея Я. Коласа), установы аховы здароўя, спартыўныя аб'екты. Сталі традыцыйнымі літаратурныя святы «Каласавіны», «Слова пра Коласа», фестываль юных музыкантаў «Сымон-музыка», фестывалі спевакоў, танцораў, аматараў тэатра «Казкі жыцця», майстроў, плэнэр юных мастакоў «Дзе льецца Нёман срэбраводны» і шэраг іншых. У Стоўбцах зберагаецца помнік архітэктуры класіцызму з рысамі барока – царква Святой Ганны (1825), будынак былой сінагогі і часткова мураваная забудова пачатку ХХ ст.

Непаўторна-прыгожы, своеасаблівы горад па-над Нёманам з кожным годам расце і квітнее. У 2001 г. Стоўбцы далучыліся да міжнароднай праграмы ў абарону міру і ўдастоены гонару называцца Горадам Міру.

Матэрыял падрыхтаваны ў 2010 г.